> 問題のある拡張子
> mp3,mp4
>
> 使用プラグイン
> mp3　kbmpg123.kpi
> mp4　kbdshow.kpi
>
> foobar2000にて全てのファイル(主にflac,mp3,mp4)をリプレイゲインしています
> ReplayGain>Scan Per-File Track Gain　デフォルトで89db
>
> .flacファイルの場合は問題がなくKbMedia Playerでリプレイゲイン再生ができています (使用プラグインkbflac.kpi)
> しかし、mp3,mp4の場合は反映されません

mp4 については kbdshow.kpi が mp4 のタグ情報を取得出来ないので
リプレイゲインに対応出来ません。

中身が音楽だけで、使用されている codec が aac なら拡張子を .m4a に変更して
頂くことで kbm4a.kpi でリプレイゲインに対応出来るはずです。

> ドキュメントのタブから確認をするとmp4　kbdshow.kpiの方は情報は何も表示されていません

kbdshow.kpi では mp4 のタグ情報を取得出来ないので現時点では仕様です。
そのうち何とかしたいと思います。

> mp3　kbmpg123.kpiの場合は
> Replaygain_Track_Gain:-12.15 dB
> Replaygain_Track_Peak:0.992128
> のように表示だけはされています

mp3 についてはリプレイゲインに対応してるはずで、情報を表示出来てるなら
リプレイゲインも反映される筈なのですが、もう一度確認して頂けますか。

どうしても無理そうならデータを頂ければ確認してみます。